Para exibir as notas no site, eu escrevi um script, obsidian_to_html, que usa o pypandoc para converter as notas de Markdown para HTML, e então substituir os links e imagens adequadamente. O script grava tudo em uma estrutura de diretórios com HTML prontinha que eu só coloco no site direto. O script está um pouco mal documentado, mas deve ser facilmente adaptável para outros setups.